A jelenlegi tervek szerint Paks II. egy aktív törésvonal fölé épülne. A Direkt36 kutatásai szerint az utóbbi időben a törésvonal problémája lett az atomerőmű engedélyezésének egyik legfontosabb kérdése. Ha ezt nem sikerül megnyugtatóan rendezni, akkor át kell helyezni Paks II.-t, ez pedig további késést okozhat a már most is csúszásban lévő projektnél.