Szakértők és civil szervezetek aggodalmukat fejezték ki, hogy az átláthatóság és a nyilvánosság bevonásának hiánya miatt az uniós helyreállítási alap megtervezésével és végrehajtásával is problémák lehetnek több európai országban. Magyarország a jogállamisági eljárás miatt ugyan még nem kap forrásokat az RRF-ből, de az előlegfizetéseket a kormány már megkezdte a magyar költségvetés terhére, ezeknél pedig a vizsgálatok szerint súlyos problémák vannak. Már a hazai projektek tervei is problémásak, míg a végrehajtásuk körül is számos aggályt azonosítottak.