A biogazdálkodási módszerek bevezetése egyre nagyobb figyelmet kap mind politikai, mind tudományos körökben. A biogazdálkodás paradigmája szerint a gazdaság kiegyensúlyozott egység, amelyben a termelési, környezeti és emberi tevékenységek integrálódnak. Az ökológiai állattenyésztésnek több korlátja van a hagyományos rendszerekhez képest. A legtöbb esetben a gazdaságban ökológiai növénytermesztést is feltételeznek, és a teheneknek legeltetniük kell a nyári időszakban, ami korlátot jelent a nagyobb gazdaságok számára. Az ökológiai állattenyésztésben a mesterséges megtermékenyítéssel szemben a természetes megtermékenyítést részesítik előnyben, és tilos a hormonok vagy más készítmények használata a hőszinkronizáláshoz vagy betegségek megelőzésére. Az ökológiai gazdaságoknak nem engedélyezett az állatgyógyászati készítmények használata, és a gyógyítás utángyógyászati készítményekkel a tej értékesítése kétszer olyan hosszú ideig tilos, mint a hagyományos rendszerekben. Az állatok takarmánya nem tartalmazhat GMO-kat, antibiotikumokat, növekedésserkentőket vagy hormonkészítményeket, és a borjakat három hónapig természetes tejjel kell etetni.