A számvevők szerint az alapítvány nem alakított ki olyan szabályokat, kontrollokat, amelyek alkalmasak a kockázatok kezelésére. A várost irányító polgármester, Szemereyné Pataki Klaudia a Neumann János Egyetemért Alapítvány felügyelőbizottságának tagja, Gaál József alpolgármester pedig a kuratórium tagja.